Section: Evolutionary Biology
Topic: Evolution, Genetics/Genomics, Population biology

How robust are cross-population signatures of polygenic adaptation in humans?

Refoyo-Martínez, Alba1  ; Liu, Siyang2, 3; Jørgensen, Anja Moltke4 ; Jin, Xin2; Albrechtsen, Anders3 ; Martin, Alicia R.5, 6, 7 ; Racimo, Fernando1 
1 Lundbeck GeoGenetics Centre, GLOBE Institute, University of Copenhagen 1350 -- Copenhagen, Denmark
2 BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083 -- Guangdong, China
3 Department of Biology, Section for Computational and RNA Biology, University of Copenhagen, 2200 -- Copenhagen, Denmark
4 Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research, University of Copenhagen, 2200 -- Copenhagen, Denmark
5 Analytic and Translational Genetics Unit, Massachusetts General Hospital -- Boston, MA 02114, USA
6 Program in Medical and Population Genetics, Broad Institute of Harvard and MIT -- Cambridge, MA 02142, USA
7 Stanley Center for Psychiatric Research, Broad Institute of Harvard and MIT -- Cambridge, MA 02142, USA

10.24072/pcjournal.35 - Peer Community Journal, Volume 1 (2021), article no. e22.

Get full text PDF Peer reviewed and recommended by PCI
article image
Over the past decade, summary statistics from genome-wide association studies (GWASs) have been used to detect and quantify polygenic adaptation in humans. Several studies have reported signatures of natural selection at sets of SNPs associated with complex traits, like height and body mass index. However, more recent studies suggest that some of these signals may be caused by biases from uncorrected population stratification in the GWAS data with which these tests are performed. Moreover, past studies have predominantly relied on SNP effect size estimates obtained from GWAS panels of European ancestries, which are known to be poor predictors of phenotypes in non-European populations. Here, we collated GWAS data from multiple anthropometric and metabolic traits that have been measured in more than one cohort around the world, including the UK Biobank, FINRISK, Chinese NIPT, Biobank Japan, APCDR and PAGE. We then evaluated how robust signals of polygenic score overdispersion (which have been interpreted as suggesting polygenic adaptation) are to the choice of GWAS cohort used to identify associated variants and their effect size estimates. We did so while using the same panel to obtain population allele frequencies (The 1000 Genomes Project). We observe many discrepancies across tests performed on the same phenotype and find that association studies performed using multiple different cohorts, like meta-analyses and mega-analyses, tend to produce polygenic scores with strong overdispersion across populations. This results in apparent signatures of polygenic adaptation which are not observed when using effect size estimates from biobank-based GWASs of homogeneous ancestries. Indeed, we were able to artificially create score overdispersion when taking the UK Biobank cohort and simulating a meta-analysis on multiple subsets of the cohort. Finally, we show that the amount of overdispersion in scores for educational attainment - a trait with strong social implications and high potential for misinterpretation - is also strongly dependent on the specific GWAS used to build them. This suggests that extreme caution should be taken in the execution and interpretation of future tests of polygenic score overdispersion based on population differentiation, especially when using summary statistics from a GWAS that combines multiple cohorts.
Published online:
DOI: 10.24072/pcjournal.35
Type: Research article

Refoyo-Martínez, Alba 1; Liu, Siyang 2, 3; Jørgensen, Anja Moltke 4; Jin, Xin 2; Albrechtsen, Anders 3; Martin, Alicia R. 5, 6, 7; Racimo, Fernando 1

1 Lundbeck GeoGenetics Centre, GLOBE Institute, University of Copenhagen 1350 -- Copenhagen, Denmark
2 BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083 -- Guangdong, China
3 Department of Biology, Section for Computational and RNA Biology, University of Copenhagen, 2200 -- Copenhagen, Denmark
4 Novo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic Research, University of Copenhagen, 2200 -- Copenhagen, Denmark
5 Analytic and Translational Genetics Unit, Massachusetts General Hospital -- Boston, MA 02114, USA
6 Program in Medical and Population Genetics, Broad Institute of Harvard and MIT -- Cambridge, MA 02142, USA
7 Stanley Center for Psychiatric Research, Broad Institute of Harvard and MIT -- Cambridge, MA 02142, USA
License: CC-BY 4.0
Copyrights: The authors retain unrestricted copyrights and publishing rights 
@article{10_24072_pcjournal_35,
     author = {Refoyo-Mart{\'\i}nez, Alba and Liu, Siyang and J{\o}rgensen, Anja Moltke and Jin, Xin and Albrechtsen, Anders and Martin, Alicia R. and Racimo, Fernando},
     title = {How robust are cross-population signatures of polygenic adaptation in humans?},
     journal = {Peer Community Journal},
     eid = {e22},
     publisher = {Peer Community In},
     volume = {1},
     year = {2021},
     doi = {10.24072/pcjournal.35},
     url = {https://peercommunityjournal.org/articles/10.24072/pcjournal.35/}
}
TY  - JOUR
AU  - Refoyo-Martínez, Alba
AU  - Liu, Siyang
AU  - Jørgensen, Anja Moltke
AU  - Jin, Xin
AU  - Albrechtsen, Anders
AU  - Martin, Alicia R.
AU  - Racimo, Fernando
TI  - How robust are cross-population signatures of polygenic adaptation in humans?
JO  - Peer Community Journal
PY  - 2021
VL  - 1
PB  - Peer Community In
UR  - https://peercommunityjournal.org/articles/10.24072/pcjournal.35/
DO  - 10.24072/pcjournal.35
ID  - 10_24072_pcjournal_35
ER  - 
%0 Journal Article
%A Refoyo-Martínez, Alba
%A Liu, Siyang
%A Jørgensen, Anja Moltke
%A Jin, Xin
%A Albrechtsen, Anders
%A Martin, Alicia R.
%A Racimo, Fernando
%T How robust are cross-population signatures of polygenic adaptation in humans?
%J Peer Community Journal
%D 2021
%V 1
%I Peer Community In
%U https://peercommunityjournal.org/articles/10.24072/pcjournal.35/
%R 10.24072/pcjournal.35
%F 10_24072_pcjournal_35
Refoyo-Martínez, Alba; Liu, Siyang; Jørgensen, Anja Moltke; Jin, Xin; Albrechtsen, Anders; Martin, Alicia R.; Racimo, Fernando. How robust are cross-population signatures of polygenic adaptation in humans?. Peer Community Journal, Volume 1 (2021), article  no. e22. doi : 10.24072/pcjournal.35. https://peercommunityjournal.org/articles/10.24072/pcjournal.35/

PCI peer reviews and recommendation, and links to data, scripts, code and supplementary information: 10.24072/pci.evolbiol.100125

Conflict of interest of the recommender and peer reviewers:
The recommender in charge of the evaluation of the article and the reviewers declared that they have no conflict of interest (as defined in the code of conduct of PCI) with the authors or with the content of the article.

[1] Abdellaoui, A.; Hottenga, J.-J.; Willemsen, G.; Bartels, M.; van Beijsterveldt, T.; Ehli, E. A.; Davies, G. E.; Brooks, A.; Sullivan, P. F.; Penninx, B. W. J. H.; de Geus, E. J.; Boomsma, D. I. Educational Attainment Influences Levels of Homozygosity through Migration and Assortative Mating, PLOS ONE, Volume 10 (2015) no. 3 | DOI

[2] Allen, H. L.; Estrada, K.; Lettre, G.; Berndt, S. I.; Weedon, M. N.; Rivadeneira, F.; Willer, C. J.; Jackson, A. U.; Vedantam, S.; Raychaudhuri, S.; Ferreira, T.; Wood, A. R.; Weyant, R. J.; Segrè, A. V.; Speliotes, E. K.; Wheeler, E.; Soranzo, N.; Park, J.-H.; Yang, J.; Gudbjartsson, D.; Heard-Costa, N. L.; Randall, J. C.; Qi, L.; Vernon Smith, A.; Mägi, R.; Pastinen, T.; Liang, L.; Heid, I. M.; Luan, J.; Thorleifsson, G.; Winkler, T. W.; Goddard, M. E.; Sin Lo, K.; Palmer, C.; Workalemahu, T.; Aulchenko, Y. S.; Johansson, Å.; Carola Zillikens, M.; Feitosa, M. F.; Esko, T.; Johnson, T.; Ketkar, S.; Kraft, P.; Mangino, M.; Prokopenko, I.; Absher, D.; Albrecht, E.; Ernst, F.; Glazer, N. L.; Hayward, C.; Hottenga, J.-J.; Jacobs, K. B.; Knowles, J. W.; Kutalik, Z.; Monda, K. L.; Polasek, O.; Preuss, M.; Rayner, N. W.; Robertson, N. R.; Steinthorsdottir, V.; Tyrer, J. P.; Voight, B. F.; Wiklund, F.; Xu, J.; Hua Zhao, J.; Nyholt, D. R.; Pellikka, N.; Perola, M.; Perry, J. R. B.; Surakka, I.; Tammesoo, M.-L.; Altmaier, E. L.; Amin, N.; Aspelund, T.; Bhangale, T.; Boucher, G.; Chasman, D. I.; Chen, C.; Coin, L.; Cooper, M. N.; Dixon, A. L.; Gibson, Q.; Grundberg, E.; Hao, K.; Juhani Junttila, M.; Kaplan, L. M.; Kettunen, J.; König, I. R.; Kwan, T.; Lawrence, R. W.; Levinson, D. F.; Lorentzon, M.; McKnight, B.; Morris, A. P.; Müller, M.; Suh Ngwa, J.; Purcell, S.; Rafelt, S.; Salem, R. M.; Salvi, E.; Sanna, S.; Shi, J.; Sovio, U.; Thompson, J. R.; Turchin, M. C.; Vandenput, L.; Verlaan, D. J.; Vitart, V.; White, C. C.; Ziegler, A.; Almgren, P.; Balmforth, A. J.; Campbell, H.; Citterio, L.; De Grandi, A.; Dominiczak, A.; Duan, J.; Elliott, P.; Elosua, R.; Eriksson, J. G.; Freimer, N. B.; Geus, E. J. C.; Glorioso, N.; Haiqing, S.; Hartikainen, A.-L.; Havulinna, A. S.; Hicks, A. A.; Hui, J.; Igl, W.; Illig, T.; Jula, A.; Kajantie, E.; Kilpeläinen, T. O.; Koiranen, M.; Kolcic, I.; Koskinen, S.; Kovacs, P.; Laitinen, J.; Liu, J.; Lokki, M.-L.; Marusic, A.; Maschio, A.; Meitinger, T.; Mulas, A.; Paré, G.; Parker, A. N.; Peden, J. F.; Petersmann, A.; Pichler, I.; Pietiläinen, K. H.; Pouta, A.; Ridderstråle, M.; Rotter, J. I.; Sambrook, J. G.; Sanders, A. R.; Oliver Schmidt, C.; Sinisalo, J.; Smit, J. H.; Stringham, H. M.; Bragi Walters, G.; Widen, E.; Wild, S. H.; Willemsen, G.; Zagato, L.; Zgaga, L.; Zitting, P.; Alavere, H.; Farrall, M.; McArdle, W. L.; Nelis, M.; Peters, M. J.; Ripatti, S.; van Meurs, J. B. J.; Aben, K. K.; Ardlie, K. G.; Beckmann, J. S.; Beilby, J. P.; Bergman, R. N.; Bergmann, S.; Collins, F. S.; Cusi, D.; den Heijer, M.; Eiriksdottir, G.; Gejman, P. V.; Hall, A. S.; Hamsten, A.; Huikuri, H. V.; Iribarren, C.; Kähönen, M.; Kaprio, J.; Kathiresan, S.; Kiemeney, L.; Kocher, T.; Launer, L. J.; Lehtimäki, T.; Melander, O.; Mosley Jr, T. H.; Musk, A. W.; Nieminen, M. S.; O’Donnell, C. J.; Ohlsson, C.; Oostra, B.; Palmer, L. J.; Raitakari, O.; Ridker, P. M.; Rioux, J. D.; Rissanen, A.; Rivolta, C.; Schunkert, H.; Shuldiner, A. R.; Siscovick, D. S.; Stumvoll, M.; Tönjes, A.; Tuomilehto, J.; van Ommen, G.-J.; Viikari, J.; Heath, A. C.; Martin, N. G.; Montgomery, G. W.; Province, M. A.; Kayser, M.; Arnold, A. M.; Atwood, L. D.; Boerwinkle, E.; Chanock, S. J.; Deloukas, P.; Gieger, C.; Grönberg, H.; Hall, P.; Hattersley, A. T.; Hengstenberg, C.; Hoffman, W.; Mark Lathrop, G.; Salomaa, V.; Schreiber, S.; Uda, M.; Waterworth, D.; Wright, A. F.; Assimes, T. L.; Barroso, I.; Hofman, A.; Mohlke, K. L.; Boomsma, D. I.; Caulfield, M. J.; Adrienne Cupples, L.; Erdmann, J.; Fox, C. S.; Gudnason, V.; Gyllensten, U.; Harris, T. B.; Hayes, R. B.; Jarvelin, M.-R.; Mooser, V.; Munroe, P. B.; Ouwehand, W. H.; Penninx, B. W.; Pramstaller, P. P.; Quertermous, T.; Rudan, I.; Samani, N. J.; Spector, T. D.; Völzke, H.; Watkins, H.; Wilson, J. F.; Groop, L. C.; Haritunians, T.; Hu, F. B.; Kaplan, R. C.; Metspalu, A.; North, K. E.; Schlessinger, D.; Wareham, N. J.; Hunter, D. J.; O’Connell, J. R.; Strachan, D. P.; Wichmann, H.-E.; Borecki, I. B.; van Duijn, C. M.; Schadt, E. E.; Thorsteinsdottir, U.; Peltonen, L.; Uitterlinden, A. G.; Visscher, P. M.; Chatterjee, N.; Loos, R. J. F.; Boehnke, M.; McCarthy, M. I.; Ingelsson, E.; Lindgren, C. M.; Abecasis, G. R.; Stefansson, K.; Frayling, T. M.; Hirschhorn, J. N. Hundreds of variants clustered in genomic loci and biological pathways affect human height, Nature, Volume 467 (2010) no. 7317, pp. 832-838 | DOI

[3] Allison, D. B.; Heo, M.; Kaplan, N.; Martin, E. R. Sibling-Based Tests of Linkage and Association for Quantitative Traits, The American Journal of Human Genetics, Volume 64 (1999) no. 6, pp. 1754-1764 | DOI

[4] APCDR The African Partnership for Chronic Disease Research. URL: https://www.apcdr. org (visited on 06/30/2019)., 2016

[5] Berg, J. J.; Coop, G. A Population Genetic Signal of Polygenic Adaptation, PLoS Genetics, Volume 10 (2014) no. 8 | DOI

[6] Berg, J. J.; Harpak, A.; Sinnott-Armstrong, N.; Joergensen, A. M.; Mostafavi, H.; Field, Y.; Boyle, E. A.; Zhang, X.; Racimo, F.; Pritchard, J. K.; Coop, G. Reduced signal for polygenic adaptation of height in UK Biobank, eLife, Volume 8 (2019) | DOI

[7] Berg, J. J.; Zhang ,X.; et al. Polygenic adaptation has impacted multiple anthropometric traits, BioRxiv | DOI

[8] Berisa, T.; Pickrell, J. K. Approximately independent linkage disequilibrium blocks in human populations, Bioinformatics, Volume 32 (2016) | DOI

[9] Bitarello, B. D.; Mathieson, I. Polygenic Scores for Height in Admixed Populations, G3 Genes|Genomes|Genetics, Volume 10 (2020) no. 11, pp. 4027-4036 | DOI

[10] Borodulin, K.; Tolonen, H.; Jousilahti, P.; Jula, A.; Juolevi, A.; Koskinen, S.; Kuulasmaa, K.; Laatikainen, T.; Männistö, S.; Peltonen, M.; Perola, M.; Puska, P.; Salomaa, V.; Sundvall, J.; Virtanen, S. M.; Vartiainen, E. Cohort Profile: The National FINRISK Study, International Journal of Epidemiology, Volume 47 (2018) no. 3 | DOI

[11] Bulik-Sullivan, B.; Finucane, H. K.; Anttila, V.; Gusev, A.; Day, F. R.; Loh, P.-R.; Duncan, L.; Perry, J. R. B.; Patterson, N.; Robinson, E. B.; Daly, M. J.; Price, A. L.; Neale, B. M. An atlas of genetic correlations across human diseases and traits, Nature Genetics, Volume 47 (2015) no. 11, pp. 1236-1241 | DOI

[12] Bulik-Sullivan, B. K.; Loh, P.-R.; Finucane, H. K.; Ripke, S.; Yang, J.; Patterson, N.; Daly, M. J.; Price, A. L.; Neale, B. M. LD Score regression distinguishes confounding from polygenicity in genome-wide association studies, Nature Genetics, Volume 47 (2015) no. 3, pp. 291-295 | DOI

[13] Bycroft, C.; Freeman, C.; Petkova, D.; Band, G.; Elliott, L. T.; Sharp, K.; Motyer, A.; Vukcevic, D.; Delaneau, O.; O’Connell, J.; Cortes, A.; Welsh, S.; Young, A.; Effingham, M.; McVean, G.; Leslie, S.; Allen, N.; Donnelly, P.; Marchini, J. The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data, Nature, Volume 562 (2018) no. 7726, pp. 203-209 | DOI

[14] Carlson, C. S. Diversity is future for genetic analysis, Nature, Volume 540 (2016) no. 7633, p. 341-341 | DOI

[15] Carlson, C. S.; Matise, T. C.; North, K. E.; Haiman, C. A.; Fesinmeyer, M. D.; Buyske, S.; Schumacher, F. R.; Peters, U.; Franceschini, N.; Ritchie, M. D.; Duggan, D. J.; Spencer, K. L.; Dumitrescu, L.; Eaton, C. B.; Thomas, F.; Young, A.; Carty, C.; Heiss, G.; Le Marchand, L.; Crawford, D. C.; Hindorff, L. A.; Kooperberg, C. L. Generalization and Dilution of Association Results from European GWAS in Populations of Non-European Ancestry: The PAGE Study, PLoS Biology, Volume 11 (2013) no. 9 | DOI

[16] Casella, G.; Berger, R. L. Statistical inference. Vol. 2, Duxbury, Pacific Grove, CA, 2002

[17] Chang, C. C.; Chow, C. C.; Tellier, L. C.; Vattikuti, S.; Purcell, S. M.; Lee, J. J. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets, GigaScience, Volume 4 (2015) no. 1 | DOI

[18] Chen, M.; et al Evidence of polygenic adaptation at height-associated loci in mainland Europeans and Sardinians, bioRxiv (2019) | DOI

[19] Coop, G. Reading tea leaves? Polygenic scores and dierences in traits among groups, arXiv (2019)

[20] Durvasula, A.; Lohmueller, K. E. Negative selection on complex traits limits phenotype prediction accuracy between populations, The American Journal of Human Genetics, Volume 108 (2021) no. 4, pp. 620-631 | DOI

[21] Edge, M. D. Statistical Thinking from Scratch: A Primer for Scientists, Oxford University Press, 2019 | DOI

[22] Fisher, R. A. XV.—The Correlation between Relatives on the Supposition of Mendelian Inheritance., Transactions of the Royal Society of Edinburgh, Volume 52 (1919) no. 2, pp. 399-433 | DOI

[23] Guo, J.; Yang, J.; Visscher, P. M. Leveraging GWAS for complex traits to detect signatures of natural selection in humans, Current Opinion in Genetics Development, Volume 53 (2018), pp. 9-14 | DOI

[24] Harmon, A. Why White Supremacists Are Chugging Milk (and Why Geneticists Are Alarmed), New York Times, Volume 17 (2018)

[25] Haworth, S.; Mitchell, R.; Corbin, L.; Wade, K. H.; Dudding, T.; Budu-Aggrey, A.; Carslake, D.; Hemani, G.; Paternoster, L.; Smith, G. D.; Davies, N.; Lawson, D. J.; J. Timpson, N. Apparent latent structure within the UK Biobank sample has implications for epidemiological analysis, Nature Communications, Volume 10 (2019) no. 1 | DOI

[26] Hayward, L. K.; Sella, G. Polygenic adaptation after a sudden change in environment, Polygenic adaptation after a sudden change in environment. bioRxiv , 2019, p. 792952 | DOI

[27] Heckerman, D.; Gurdasani, D.; Kadie, C.; Pomilla, C.; Carstensen, T.; Martin, H.; Ekoru, K.; Nsubuga, R. N.; Ssenyomo, G.; Kamali, A.; Kaleebu, P.; Widmer, C.; Sandhu, M. S. Linear mixed model for heritability estimation that explicitly addresses environmental variation, Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 113 (2016) no. 27, pp. 7377-7382 | DOI

[28] Hirata, M.; Kamatani, Y.; Nagai, A.; Kiyohara, Y.; Ninomiya, T.; Tamakoshi, A.; Yamagata, Z.; Kubo, M.; Muto, K.; Mushiroda, T.; Murakami, Y.; Yuji, K.; Furukawa, Y.; Zembutsu, H.; Tanaka, T.; Ohnishi, Y.; Nakamura, Y.; Matsuda, K.; Shiono, M.; Misumi, K.; Kaieda, R.; Harada, H.; Minami, S.; Emi, M.; Emoto, N.; Arai, H.; Yamaji, K.; Hiratsuka, Y.; Asai, S.; Moriyama, M.; Takahashi, Y.; Fujioka, T.; Obara, W.; Mori, S.; Ito, H.; Nagayama, S.; Miki, Y.; Masumoto, A.; Yamada, A.; Nishizawa, Y.; Kodama, K.; Kutsumi, H.; Sugimoto, Y.; Koretsune, Y.; Kusuoka, H.; Yoshiyama, T. Cross-sectional analysis of BioBank Japan clinical data: A large cohort of 200,000 patients with 47 common diseases, Journal of Epidemiology, Volume 27 (2017) no. 3 | DOI

[29] Holland, D.; Wang, Y.; Thompson, W. K.; Schork, A.; Chen, C.-H.; Lo, M.-T.; Witoelar, A.; Werge, T.; O'Donovan, M.; Andreassen, O. A.; Dale, A. M. Estimating Effect Sizes and Expected Replication Probabilities from GWAS Summary Statistics, Frontiers in Genetics, Volume 7 | DOI

[30] Hubisz, M.; Siepel, A. Inference of Ancestral Recombination Graphs Using ARGweaver, Methods in Molecular Biology, Springer US, New York, NY, 2020, pp. 231-266 | DOI

[31] Hugh-Jones, D.; Verweij, K. J.; St. Pourcain, B.; Abdellaoui, A. Assortative mating on educational attainment leads to genetic spousal resemblance for polygenic scores, Intelligence, Volume 59 (2016), pp. 103-108 | DOI

[32] Kanai, M.; Akiyama, M.; Takahashi, A.; Matoba, N.; Momozawa, Y.; Ikeda, M.; Iwata, N.; Ikegawa, S.; Hirata, M.; Matsuda, K.; Kubo, M.; Okada, Y.; Kamatani, Y. Genetic analysis of quantitative traits in the Japanese population links cell types to complex human diseases, Nature Genetics, Volume 50 (2018) no. 3, pp. 390-400 | DOI

[33] Kelleher, J.; Etheridge, A. M.; McVean, G. Efficient Coalescent Simulation and Genealogical Analysis for Large Sample Sizes, PLOS Computational Biology, Volume 12 (2016) no. 5 | DOI

[34] Kerminen, S.; Martin, A. R.; Koskela, J.; Ruotsalainen, S. E.; Havulinna, A. S.; Surakka, I.; Palotie, A.; Perola, M.; Salomaa, V.; Daly, M. J.; Ripatti, S.; Pirinen, M. Geographic Variation and Bias in the Polygenic Scores of Complex Diseases and Traits in Finland, The American Journal of Human Genetics, Volume 104 (2019) no. 6, pp. 1169-1181 | DOI

[35] Lee, J. J.; Wedow, R.; Okbay, A.; Kong, E.; Maghzian, O.; Zacher, M.; Nguyen-Viet, T. A.; Bowers, P.; Sidorenko, J.; Karlsson Linnér, R.; Fontana, M. A.; Kundu, T.; Lee, C.; Li, H.; Li, R.; Royer, R.; Timshel, P. N.; Walters, R. K.; Willoughby, E. A.; Yengo, L.; Alver, M.; Bao, Y.; Clark, D. W.; Day, F. R.; Furlotte, N. A.; Joshi, P. K.; Kemper, K. E.; Kleinman, A.; Langenberg, C.; Mägi, R.; Trampush, J. W.; Verma, S. S.; Wu, Y.; Lam, M.; Zhao, J. H.; Zheng, Z.; Boardman, J. D.; Campbell, H.; Freese, J.; Harris, K. M.; Hayward, C.; Herd, P.; Kumari, M.; Lencz, T.; Luan, J.; Malhotra, A. K.; Metspalu, A.; Milani, L.; Ong, K. K.; Perry, J. R. B.; Porteous, D. J.; Ritchie, M. D.; Smart, M. C.; Smith, B. H.; Tung, J. Y.; Wareham, N. J.; Wilson, J. F.; Beauchamp, J. P.; Conley, D. C.; Esko, T.; Lehrer, S. F.; Magnusson, P. K. E.; Oskarsson, S.; Pers, T. H.; Robinson, M. R.; Thom, K.; Watson, C.; Chabris, C. F.; Meyer, M. N.; Laibson, D. I.; Yang, J.; Johannesson, M.; Koellinger, P. D.; Turley, P.; Visscher, P. M.; Benjamin, D. J.; Cesarini, D. Gene discovery and polygenic prediction from a genome-wide association study of educational attainment in 1.1 million individuals, Nature Genetics, Volume 50 (2018) no. 8, pp. 1112-1121 | DOI

[36] Liu, S.; Huang, S.; Chen, F.; Zhao, L.; Yuan, Y.; Francis, S. S.; Fang, L.; Li, Z.; Lin, L.; Liu, R.; Zhang, Y.; Xu, H.; Li, S.; Zhou, Y.; Davies, R. W.; Liu, Q.; Walters, R. G.; Lin, K.; Ju, J.; Korneliussen, T.; Yang, M. A.; Fu, Q.; Wang, J.; Zhou, L.; Krogh, A.; Zhang, H.; Wang, W.; Chen, Z.; Cai, Z.; Yin, Y.; Yang, H.; Mao, M.; Shendure, J.; Wang, J.; Albrechtsen, A.; Jin, X.; Nielsen, R.; Xu, X. Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History, Cell, Volume 175 (2018) no. 2 | DOI

[37] Liu, X.; Loh, P.-R.; O’Connor, L. J.; Gazal, S.; Schoech, A.; Maier, R. M.; Patterson, N.; Price, A. L. Quantification of genetic components of population differentiation in UK Biobank traits reveals signals of polygenic selection, bioRxiv, 2018 | DOI

[38] Locke, A. E.; Kahali, B.; Berndt, S. I.; Justice, A. E.; Pers, T. H.; Day, F. R.; Powell, C.; Vedantam, S.; Buchkovich, M. L.; Yang, J.; Croteau-Chonka, D. C.; Esko, T.; Fall, T.; Ferreira, T.; Gustafsson, S.; Kutalik, Z.; Luan, J.; Mägi, R.; Randall, J. C.; Winkler, T. W.; Wood, A. R.; Workalemahu, T.; Faul, J. D.; Smith, J. A.; Hua Zhao, J.; Zhao, W.; Chen, J.; Fehrmann, R.; Hedman, Å. K.; Karjalainen, J.; Schmidt, E. M.; Absher, D.; Amin, N.; Anderson, D.; Beekman, M.; Bolton, J. L.; Bragg-Gresham, J. L.; Buyske, S.; Demirkan, A.; Deng, G.; Ehret, G. B.; Feenstra, B.; Feitosa, M. F.; Fischer, K.; Goel, A.; Gong, J.; Jackson, A. U.; Kanoni, S.; Kleber, M. E.; Kristiansson, K.; Lim, U.; Lotay, V.; Mangino, M.; Mateo Leach, I.; Medina-Gomez, C.; Medland, S. E.; Nalls, M. A.; Palmer, C. D.; Pasko, D.; Pechlivanis, S.; Peters, M. J.; Prokopenko, I.; Shungin, D.; Stančáková, A.; Strawbridge, R. J.; Ju Sung, Y.; Tanaka, T.; Teumer, A.; Trompet, S.; van der Laan, S. W.; van Setten, J.; Van Vliet-Ostaptchouk, J. V.; Wang, Z.; Yengo, L.; Zhang, W.; Isaacs, A.; Albrecht, E.; Ärnlöv, J.; Arscott, G. M.; Attwood, A. P.; Bandinelli, S.; Barrett, A.; Bas, I. N.; Bellis, C.; Bennett, A. J.; Berne, C.; Blagieva, R.; Blüher, M.; Böhringer, S.; Bonnycastle, L. L.; Böttcher, Y.; Boyd, H. A.; Bruinenberg, M.; Caspersen, I. H.; Ida Chen, Y.-D.; Clarke, R.; Warwick Daw, E.; de Craen, A. J. M.; Delgado, G.; Dimitriou, M.; Doney, A. S. F.; Eklund, N.; Estrada, K.; Eury, E.; Folkersen, L.; Fraser, R. M.; Garcia, M. E.; Geller, F.; Giedraitis, V.; Gigante, B.; Go, A. S.; Golay, A.; Goodall, A. H.; Gordon, S. D.; Gorski, M.; Grabe, H.-J.; Grallert, H.; Grammer, T. B.; Gräßler, J.; Grönberg, H.; Groves, C. J.; Gusto, G.; Haessler, J.; Hall, P.; Haller, T.; Hallmans, G.; Hartman, C. A.; Hassinen, M.; Hayward, C.; Heard-Costa, N. L.; Helmer, Q.; Hengstenberg, C.; Holmen, O.; Hottenga, J.-J.; James, A. L.; Jeff, J. M.; Johansson, Å.; Jolley, J.; Juliusdottir, T.; Kinnunen, L.; Koenig, W.; Koskenvuo, M.; Kratzer, W.; Laitinen, J.; Lamina, C.; Leander, K.; Lee, N. R.; Lichtner, P.; Lind, L.; Lindström, J.; Sin Lo, K.; Lobbens, S.; Lorbeer, R.; Lu, Y.; Mach, F.; Magnusson, P. K. E.; Mahajan, A.; McArdle, W. L.; McLachlan, S.; Menni, C.; Merger, S.; Mihailov, E.; Milani, L.; Moayyeri, A.; Monda, K. L.; Morken, M. A.; Mulas, A.; Müller, G.; Müller-Nurasyid, M.; Musk, A. W.; Nagaraja, R.; Nöthen, M. M.; Nolte, I. M.; Pilz, S.; Rayner, N. W.; Renstrom, F.; Rettig, R.; Ried, J. S.; Ripke, S.; Robertson, N. R.; Rose, L. M.; Sanna, S.; Scharnagl, H.; Scholtens, S.; Schumacher, F. R.; Scott, W. R.; Seufferlein, T.; Shi, J.; Vernon Smith, A.; Smolonska, J.; Stanton, A. V.; Steinthorsdottir, V.; Stirrups, K.; Stringham, H. M.; Sundström, J.; Swertz, M. A.; Swift, A. J.; Syvänen, A.-C.; Tan, S.-T.; Tayo, B. O.; Thorand, B.; Thorleifsson, G.; Tyrer, J. P.; Uh, H.-W.; Vandenput, L.; Verhulst, F. C.; Vermeulen, S. H.; Verweij, N.; Vonk, J. M.; Waite, L. L.; Warren, H. R.; Waterworth, D.; Weedon, M. N.; Wilkens, L. R.; Willenborg, C.; Wilsgaard, T.; Wojczynski, M. K.; Wong, A.; Wright, A. F.; Zhang, Q.; Brennan, E. P.; Choi, M.; Dastani, Z.; Drong, A. W.; Eriksson, P.; Franco-Cereceda, A.; Gådin, J. R.; Gharavi, A. G.; Goddard, M. E.; Handsaker, R. E.; Huang, J.; Karpe, F.; Kathiresan, S.; Keildson, S.; Kiryluk, K.; Kubo, M.; Lee, J.-Y.; Liang, L.; Lifton, R. P.; Ma, B.; McCarroll, S. A.; McKnight, A. J.; Min, J. L.; Moffatt, M. F.; Montgomery, G. W.; Murabito, J. M.; Nicholson, G.; Nyholt, D. R.; Okada, Y.; Perry, J. R. B.; Dorajoo, R.; Reinmaa, E.; Salem, R. M.; Sandholm, N.; Scott, R. A.; Stolk, L.; Takahashi, A.; Tanaka, T.; van’t Hooft, F. M.; Vinkhuyzen, A. A. E.; Westra, H.-J.; Zheng, W.; Zondervan, K. T.; Heath, A. C.; Arveiler, D.; Bakker, S. J. L.; Beilby, J.; Bergman, R. N.; Blangero, J.; Bovet, P.; Campbell, H.; Caulfield, M. J.; Cesana, G.; Chakravarti, A.; Chasman, D. I.; Chines, P. S.; Collins, F. S.; Crawford, D. C.; Adrienne Cupples, L.; Cusi, D.; Danesh, J.; de Faire, U.; den Ruijter, H. M.; Dominiczak, A. F.; Erbel, R.; Erdmann, J.; Eriksson, J. G.; Farrall, M.; Felix, S. B.; Ferrannini, E.; Ferrières, J.; Ford, I.; Forouhi, N. G.; Forrester, T.; Franco, O. H.; Gansevoort, R. T.; Gejman, P. V.; Gieger, C.; Gottesman, O.; Gudnason, V.; Gyllensten, U.; Hall, A. S.; Harris, T. B.; Hattersley, A. T.; Hicks, A. A.; Hindorff, L. A.; Hingorani, A. D.; Hofman, A.; Homuth, G.; Kees Hovingh, G.; Humphries, S. E.; Hunt, S. C.; Hyppönen, E.; Illig, T.; Jacobs, K. B.; Jarvelin, M.-R.; Jöckel, K.-H.; Johansen, B.; Jousilahti, P.; Wouter Jukema, J.; Jula, A. M.; Kaprio, J.; Kastelein, J. J. P.; Keinanen-Kiukaanniemi, S. M.; Kiemeney, L. A.; Knekt, P.; Kooner, J. S.; Kooperberg, C.; Kovacs, P.; Kraja, A. T.; Kumari, M.; Kuusisto, J.; Lakka, T. A.; Langenberg, C.; Le Marchand, L.; Lehtimäki, T.; Lyssenko, V.; Männistö, S.; Marette, A.; Matise, T. C.; McKenzie, C. A.; McKnight, B.; Moll, F. L.; Morris, A. D.; Morris, A. P.; Murray, J. C.; Nelis, M.; Ohlsson, C.; Oldehinkel, A. J.; Ong, K. K.; Madden, P. A. F.; Pasterkamp, G.; Peden, J. F.; Peters, A.; Postma, D. S.; Pramstaller, P. P.; Price, J. F.; Qi, L.; Raitakari, O. T.; Rankinen, T.; Rao, D. C.; Rice, T. K.; Ridker, P. M.; Rioux, J. D.; Ritchie, M. D.; Rudan, I.; Salomaa, V.; Samani, N. J.; Saramies, J.; Sarzynski, M. A.; Schunkert, H.; Schwarz, P. E. H.; Sever, P.; Shuldiner, A. R.; Sinisalo, J.; Stolk, R. P.; Strauch, K.; Tönjes, A.; Trégouët, D.-A.; Tremblay, A.; Tremoli, E.; Virtamo, J.; Vohl, M.-C.; Völker, U.; Waeber, G.; Willemsen, G.; Witteman, J. C.; Carola Zillikens, M.; Adair, L. S.; Amouyel, P.; Asselbergs, F. W.; Assimes, T. L.; Bochud, M.; Boehm, B. O.; Boerwinkle, E.; Bornstein, S. R.; Bottinger, E. P.; Bouchard, C.; Cauchi, S.; Chambers, J. C.; Chanock, S. J.; Cooper, R. S.; de Bakker, P. I. W.; Dedoussis, G.; Ferrucci, L.; Franks, P. W.; Froguel, P.; Groop, L. C.; Haiman, C. A.; Hamsten, A.; Hui, J.; Hunter, D. J.; Hveem, K.; Kaplan, R. C.; Kivimaki, M.; Kuh, D.; Laakso, M.; Liu, Y.; Martin, N. G.; März, W.; Melbye, M.; Metspalu, A.; Moebus, S.; Munroe, P. B.; Njølstad, I.; Oostra, B. A.; Palmer, C. N. A.; Pedersen, N. L.; Perola, M.; Pérusse, L.; Peters, U.; Power, C.; Quertermous, T.; Rauramaa, R.; Rivadeneira, F.; Saaristo, T. E.; Saleheen, D.; Sattar, N.; Schadt, E. E.; Schlessinger, D.; Eline Slagboom, P.; Snieder, H.; Spector, T. D.; Thorsteinsdottir, U.; Stumvoll, M.; Tuomilehto, J.; Uitterlinden, A. G.; Uusitupa, M.; van der Harst, P.; Walker, M.; Wallaschofski, H.; Wareham, N. J.; Watkins, H.; Weir, D. R.; Wichmann, H.-E.; Wilson, J. F.; Zanen, P.; Borecki, I. B.; Deloukas, P.; Fox, C. S.; Heid, I. M.; O’Connell, J. R.; Strachan, D. P.; Stefansson, K.; van Duijn, C. M.; Abecasis, G. R.; Franke, L.; Frayling, T. M.; McCarthy, M. I.; Visscher, P. M.; Scherag, A.; Willer, C. J.; Boehnke, M.; Mohlke, K. L.; Lindgren, C. M.; Beckmann, J. S.; Barroso, I.; North, K. E.; Ingelsson, E.; Hirschhorn, J. N.; Loos, R. J. F.; Speliotes, E. K. Genetic studies of body mass index yield new insights for obesity biology, Nature, Volume 518 (2015) no. 7538, pp. 197-206 | DOI

[39] Loh, P.-R.; Kichaev, G.; Gazal, S.; Schoech, A. P.; Price, A. L. Mixed-model association for biobank-scale datasets, Nature Genetics, Volume 50 (2018) no. 7, pp. 906-908 | DOI

[40] Marnetto, D.; Pärna, K.; Läll, K.; Molinaro, L.; Montinaro, F.; Haller, T.; Metspalu, M.; Mägi, R.; Fischer, K.; Pagani, L. Ancestry deconvolution and partial polygenic score can improve susceptibility predictions in recently admixed individuals, Nature Communications, Volume 11 (2020) no. 1 | DOI

[41] Martin, A. R.; Gignoux, C. R.; Walters, R. K.; Wojcik, G. L.; Neale, B. M.; Gravel, S.; Daly, M. J.; Bustamante, C. D.; Kenny, E. E. Human Demographic History Impacts Genetic Risk Prediction across Diverse Populations, The American Journal of Human Genetics, Volume 100 (2017) no. 4, pp. 635-649 | DOI

[42] Martin, A. R.; Kanai, M.; Kamatani, Y.; Okada, Y.; Neale, B. M.; Daly, M. J. Clinical use of current polygenic risk scores may exacerbate health disparities, Nature Genetics, Volume 51 (2019) no. 4, pp. 584-591 | DOI

[43] Mathieson, I.; Lazaridis, I.; Rohland, N.; Mallick, S.; Patterson, N.; Roodenberg, S. A.; Harney, E.; Stewardson, K.; Fernandes, D.; Novak, M.; Sirak, K.; Gamba, C.; Jones, E. R.; Llamas, B.; Dryomov, S.; Pickrell, J.; Arsuaga, J. L.; de Castro, J. M. B.; Carbonell, E.; Gerritsen, F.; Khokhlov, A.; Kuznetsov, P.; Lozano, M.; Meller, H.; Mochalov, O.; Moiseyev, V.; Guerra, M. A. R.; Roodenberg, J.; Vergès, J. M.; Krause, J.; Cooper, A.; Alt, K. W.; Brown, D.; Anthony, D.; Lalueza-Fox, C.; Haak, W.; Pinhasi, R.; Reich, D. Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians, Nature, Volume 528 (2015) no. 7583, pp. 499-503 | DOI

[44] Matise, T. C.; Ambite, J. L.; Buyske, S.; Carlson, C. S.; Cole, S. A.; Crawford, D. C.; Haiman, C. A.; Heiss, G.; Kooperberg, C.; Marchand, L. L.; Manolio, T. A.; North, K. E.; Peters, U.; Ritchie, M. D.; Hindorff, L. A.; Haines, J. L. The Next PAGE in Understanding Complex Traits: Design for the Analysis of Population Architecture Using Genetics and Epidemiology (PAGE) Study, American Journal of Epidemiology, Volume 174 (2011) no. 7, pp. 849-859 | DOI

[45] Mostafavi, H.; Harpak, A.; Agarwal, I.; Conley, D.; Pritchard, J. K.; Przeworski, M. Author response: Variable prediction accuracy of polygenic scores within an ancestry group, eLife, Volume 9, 2019 | DOI

[46] Nagai, A.; Hirata, M.; Kamatani, Y.; Muto, K.; Matsuda, K.; Kiyohara, Y.; Ninomiya, T.; Tamakoshi, A.; Yamagata, Z.; Mushiroda, T.; Murakami, Y.; Yuji, K.; Furukawa, Y.; Zembutsu, H.; Tanaka, T.; Ohnishi, Y.; Nakamura, Y.; Kubo, M.; Shiono, M.; Misumi, K.; Kaieda, R.; Harada, H.; Minami, S.; Emi, M.; Emoto, N.; Daida, H.; Miyauchi, K.; Murakami, A.; Asai, S.; Moriyama, M.; Takahashi, Y.; Fujioka, T.; Obara, W.; Mori, S.; Ito, H.; Nagayama, S.; Miki, Y.; Masumoto, A.; Yamada, A.; Nishizawa, Y.; Kodama, K.; Kutsumi, H.; Sugimoto, Y.; Koretsune, Y.; Kusuoka, H.; Yanai, H. Overview of the BioBank Japan Project: Study design and profile, Journal of Epidemiology, Volume 27 (2017) no. 3 | DOI

[47] Novembre, J.; Barton, N. H. Tread Lightly Interpreting Polygenic Tests of Selection, Genetics, Volume 208 (2018) no. 4, pp. 1351-1355 | DOI

[48] Okbay, A.; Beauchamp, J. P.; Fontana, M. A.; Lee, J. J.; Pers, T. H.; Rietveld, C. A.; Turley, P.; Chen, G.-B.; Emilsson, V.; Meddens, S. F. W.; Oskarsson, S.; Pickrell, J. K.; Thom, K.; Timshel, P.; de Vlaming, R.; Abdellaoui, A.; Ahluwalia, T. S.; Bacelis, J.; Baumbach, C.; Bjornsdottir, G.; Brandsma, J. H.; Pina Concas, M.; Derringer, J.; Furlotte, N. A.; Galesloot, T. E.; Girotto, G.; Gupta, R.; Hall, L. M.; Harris, S. E.; Hofer, E.; Horikoshi, M.; Huffman, J. E.; Kaasik, K.; Kalafati, I. P.; Karlsson, R.; Kong, A.; Lahti, J.; Lee, S. J. v. d.; deLeeuw, C.; Lind, P. A.; Lindgren, K.-O.; Liu, T.; Mangino, M.; Marten, J.; Mihailov, E.; Miller, M. B.; van der Most, P. J.; Oldmeadow, C.; Payton, A.; Pervjakova, N.; Peyrot, W. J.; Qian, Y.; Raitakari, O.; Rueedi, R.; Salvi, E.; Schmidt, B.; Schraut, K. E.; Shi, J.; Smith, A. V.; Poot, R. A.; St Pourcain, B.; Teumer, A.; Thorleifsson, G.; Verweij, N.; Vuckovic, D.; Wellmann, J.; Westra, H.-J.; Yang, J.; Zhao, W.; Zhu, Z.; Alizadeh, B. Z.; Amin, N.; Bakshi, A.; Baumeister, S. E.; Biino, G.; Bønnelykke, K.; Boyle, P. A.; Campbell, H.; Cappuccio, F. P.; Davies, G.; De Neve, J.-E.; Deloukas, P.; Demuth, I.; Ding, J.; Eibich, P.; Eisele, L.; Eklund, N.; Evans, D. M.; Faul, J. D.; Feitosa, M. F.; Forstner, A. J.; Gandin, I.; Gunnarsson, B.; Halldórsson, B. V.; Harris, T. B.; Heath, A. C.; Hocking, L. J.; Holliday, E. G.; Homuth, G.; Horan, M. A.; Hottenga, J.-J.; de Jager, P. L.; Joshi, P. K.; Jugessur, A.; Kaakinen, M. A.; Kähönen, M.; Kanoni, S.; Keltigangas-Järvinen, L.; Kiemeney, L. A. L. M.; Kolcic, I.; Koskinen, S.; Kraja, A. T.; Kroh, M.; Kutalik, Z.; Latvala, A.; Launer, L. J.; Lebreton, M. P.; Levinson, D. F.; Lichtenstein, P.; Lichtner, P.; Liewald, D. C. M.; Cohort Study, L.; Loukola, A.; Madden, P. A.; Mägi, R.; Mäki-Opas, T.; Marioni, R. E.; Marques-Vidal, P.; Meddens, G. A.; McMahon, G.; Meisinger, C.; Meitinger, T.; Milaneschi, Y.; Milani, L.; Montgomery, G. W.; Myhre, R.; Nelson, C. P.; Nyholt, D. R.; Ollier, W. E. R.; Palotie, A.; Paternoster, L.; Pedersen, N. L.; Petrovic, K. E.; Porteous, D. J.; Räikkönen, K.; Ring, S. M.; Robino, A.; Rostapshova, O.; Rudan, I.; Rustichini, A.; Salomaa, V.; Sanders, A. R.; Sarin, A.-P.; Schmidt, H.; Scott, R. J.; Smith, B. H.; Smith, J. A.; Staessen, J. A.; Steinhagen-Thiessen, E.; Strauch, K.; Terracciano, A.; Tobin, M. D.; Ulivi, S.; Vaccargiu, S.; Quaye, L.; van Rooij, F. J. A.; Venturini, C.; Vinkhuyzen, A. A. E.; Völker, U.; Völzke, H.; Vonk, J. M.; Vozzi, D.; Waage, J.; Ware, E. B.; Willemsen, G.; Attia, J. R.; Bennett, D. A.; Berger, K.; Bertram, L.; Bisgaard, H.; Boomsma, D. I.; Borecki, I. B.; Bültmann, U.; Chabris, C. F.; Cucca, F.; Cusi, D.; Deary, I. J.; Dedoussis, G. V.; van Duijn, C. M.; Eriksson, J. G.; Franke, B.; Franke, L.; Gasparini, P.; Gejman, P. V.; Gieger, C.; Grabe, H.-J.; Gratten, J.; Groenen, P. J. F.; Gudnason, V.; van der Harst, P.; Hayward, C.; Hinds, D. A.; Hoffmann, W.; Hyppönen, E.; Iacono, W. G.; Jacobsson, B.; Järvelin, M.-R.; Jöckel, K.-H.; Kaprio, J.; Kardia, S. L. R.; Lehtimäki, T.; Lehrer, S. F.; Magnusson, P. K. E.; Martin, N. G.; McGue, M.; Metspalu, A.; Pendleton, N.; Penninx, B. W. J. H.; Perola, M.; Pirastu, N.; Pirastu, M.; Polasek, O.; Posthuma, D.; Power, C.; Province, M. A.; Samani, N. J.; Schlessinger, D.; Schmidt, R.; Sørensen, T. I. A.; Spector, T. D.; Stefansson, K.; Thorsteinsdottir, U.; Thurik, A. R.; Timpson, N. J.; Tiemeier, H.; Tung, J. Y.; Uitterlinden, A. G.; Vitart, V.; Vollenweider, P.; Weir, D. R.; Wilson, J. F.; Wright, A. F.; Conley, D. C.; Krueger, R. F.; Davey Smith, G.; Hofman, A.; Laibson, D. I.; Medland, S. E.; Meyer, M. N.; Yang, J.; Johannesson, M.; Visscher, P. M.; Esko, T.; Koellinger, P. D.; Cesarini, D.; Benjamin, D. J. Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment, Nature, Volume 533 (2016) no. 7604, pp. 539-542 | DOI

[49] Popejoy, A. B.; Fullerton, S. M. Genomics is failing on diversity, Nature, Volume 538 (2016) no. 7624, pp. 161-164 | DOI

[50] Pritchard, J. K.; Pickrell, J. K.; Coop, G. The Genetics of Human Adaptation: Hard Sweeps, Soft Sweeps, and Polygenic Adaptation, Current Biology, Volume 20 (2010) no. 4 | DOI

[51] Racimo, F.; Berg, J. J.; Pickrell, J. K. Detecting Polygenic Adaptation in Admixture Graphs, Genetics, Volume 208 (2018) no. 4, pp. 1565-1584 | DOI

[52] Ragsdale, A. P.; Nelson, D.; Gravel, S.; Kelleher, J. Lessons Learned from Bugs in Models of Human History, The American Journal of Human Genetics, Volume 107 (2020) no. 4, pp. 583-588 | DOI

[53] Rasmussen, M. D.; Hubisz, M. J.; Gronau, I.; Siepel, A. Genome-Wide Inference of Ancestral Recombination Graphs, PLoS Genetics, Volume 10 (2014) no. 5 | DOI

[54] Renaud, G. glactools: a command-line toolset for the management of genotype likelihoods and allele counts, Bioinformatics, Volume 34 (2017) no. 8, pp. 1398-1400 | DOI

[55] Rietveld, C. A.; Medland, S. E.; Derringer, J.; Yang, J.; Esko, T.; Martin, N. W.; Westra, H.-J.; Shakhbazov, K.; Abdellaoui, A.; Agrawal, A.; Albrecht, E.; Alizadeh, B. Z.; Amin, N.; Barnard, J.; Baumeister, S. E.; Benke, K. S.; Bielak, L. F.; Boatman, J. A.; Boyle, P. A.; Davies, G.; de Leeuw, C.; Eklund, N.; Evans, D. S.; Ferhmann, R.; Fischer, K.; Gieger, C.; Gjessing, H. K.; Hägg, S.; Harris, J. R.; Hayward, C.; Holzapfel, C.; Ibrahim-Verbaas, C. A.; Ingelsson, E.; Jacobsson, B.; Joshi, P. K.; Jugessur, A.; Kaakinen, M.; Kanoni, S.; Karjalainen, J.; Kolcic, I.; Kristiansson, K.; Kutalik, Z.; Lahti, J.; Lee, S. H.; Lin, P.; Lind, P. A.; Liu, Y.; Lohman, K.; Loitfelder, M.; McMahon, G.; Vidal, P. M.; Meirelles, O.; Milani, L.; Myhre, R.; Nuotio, M.-L.; Oldmeadow, C. J.; Petrovic, K. E.; Peyrot, W. J.; Polašek, O.; Quaye, L.; Reinmaa, E.; Rice, J. P.; Rizzi, T. S.; Schmidt, H.; Schmidt, R.; Smith, A. V.; Smith, J. A.; Tanaka, T.; Terracciano, A.; van der Loos, M. J. H. M.; Vitart, V.; Völzke, H.; Wellmann, J.; Yu, L.; Zhao, W.; Allik, J.; Attia, J. R.; Bandinelli, S.; Bastardot, F.; Beauchamp, J.; Bennett, D. A.; Berger, K.; Bierut, L. J.; Boomsma, D. I.; Bültmann, U.; Campbell, H.; Chabris, C. F.; Cherkas, L.; Chung, M. K.; Cucca, F.; de Andrade, M.; De Jager, P. L.; De Neve, J.-E.; Deary, I. J.; Dedoussis, G. V.; Deloukas, P.; Dimitriou, M.; Eiríksdóttir, G.; Elderson, M. F.; Eriksson, J. G.; Evans, D. M.; Faul, J. D.; Ferrucci, L.; Garcia, M. E.; Grönberg, H.; Guðnason, V.; Hall, P.; Harris, J. M.; Harris, T. B.; Hastie, N. D.; Heath, A. C.; Hernandez, D. G.; Hoffmann, W.; Hofman, A.; Holle, R.; Holliday, E. G.; Hottenga, J.-J.; Iacono, W. G.; Illig, T.; Järvelin, M.-R.; Kähönen, M.; Kaprio, J.; Kirkpatrick, R. M.; Kowgier, M.; Latvala, A.; Launer, L. J.; Lawlor, D. A.; Lehtimäki, T.; Li, J.; Lichtenstein, P.; Lichtner, P.; Liewald, D. C.; Madden, P. A.; Magnusson, P. K. E.; Mäkinen, T. E.; Masala, M.; McGue, M.; Metspalu, A.; Mielck, A.; Miller, M. B.; Montgomery, G. W.; Mukherjee, S.; Nyholt, D. R.; Oostra, B. A.; Palmer, L. J.; Palotie, A.; Penninx, B. W. J. H.; Perola, M.; Peyser, P. A.; Preisig, M.; Räikkönen, K.; Raitakari, O. T.; Realo, A.; Ring, S. M.; Ripatti, S.; Rivadeneira, F.; Rudan, I.; Rustichini, A.; Salomaa, V.; Sarin, A.-P.; Schlessinger, D.; Scott, R. J.; Snieder, H.; St Pourcain, B.; Starr, J. M.; Sul, J. H.; Surakka, I.; Svento, R.; Teumer, A.; Tiemeier, H.; van Rooij, F. J. A.; Van Wagoner, D. R.; Vartiainen, E.; Viikari, J.; Vollenweider, P.; Vonk, J. M.; Waeber, G.; Weir, D. R.; Wichmann, H.-E.; Widen, E.; Willemsen, G.; Wilson, J. F.; Wright, A. F.; Conley, D.; Davey-Smith, G.; Franke, L.; Groenen, P. J. F.; Hofman, A.; Johannesson, M.; Kardia, S. L. R.; Krueger, R. F.; Laibson, D.; Martin, N. G.; Meyer, M. N.; Posthuma, D.; Thurik, A. R.; Timpson, N. J.; Uitterlinden, A. G.; van Duijn, C. M.; Visscher, P. M.; Benjamin, D. J.; Cesarini, D.; Koellinger, P. D. GWAS of 126,559 Individuals Identifies Genetic Variants Associated with Educational Attainment, Science, Volume 340 (2013) no. 6139, pp. 1467-1471 | DOI

[56] Robinson, M. R.; Hemani, G.; Medina-Gomez, C.; Mezzavilla, M.; Esko, T.; Shakhbazov, K.; Powell, J. E.; Vinkhuyzen, A.; Berndt, S. I.; Gustafsson, S.; Justice, A. E.; Kahali, B.; Locke, A. E.; Pers, T. H.; Vedantam, S.; Wood, A. R.; van Rheenen, W.; Andreassen, O. A.; Gasparini, P.; Metspalu, A.; Berg, L. H. v. d.; Veldink, J. H.; Rivadeneira, F.; Werge, T. M.; Abecasis, G. R.; Boomsma, D. I.; Chasman, D. I.; de Geus, E. J. C.; Frayling, T. M.; Hirschhorn, J. N.; Hottenga, J. J.; Ingelsson, E.; Loos, R. J. F.; Magnusson, P. K. E.; Martin, N. G.; Montgomery, G. W.; North, K. E.; Pedersen, N. L.; Spector, T. D.; Speliotes, E. K.; Goddard, M. E.; Yang, J.; Visscher, P. M. Population genetic differentiation of height and body mass index across Europe, Nature Genetics, Volume 47 (2015) no. 11, pp. 1357-1362 | DOI

[57] Robinson, M. R.; Kleinman, A.; Graff, M.; Vinkhuyzen, A. A. E.; Couper, D.; Miller, M. B.; Peyrot, W. J.; Abdellaoui, A.; Zietsch, B. P.; Nolte, I. M.; van Vliet-Ostaptchouk, J. V.; Snieder, H.; Medland, S. E.; Martin, N. G.; Magnusson, P. K. E.; Iacono, W. G.; McGue, M.; North, K. E.; Yang, J.; Visscher, P. M. Genetic evidence of assortative mating in humans, Nature Human Behaviour, Volume 1 (2017) no. 1 | DOI

[58] Rosenberg, N. A.; Edge, M. D.; Pritchard, J. K.; Feldman, M. W. Interpreting polygenic scores, polygenic adaptation, and human phenotypic differences, Evolution, Medicine, and Public Health, Volume 2019 (2019) no. 1, pp. 26-34 | DOI

[59] Rosenberg, N. A.; Huang, L.; Jewett, E. M.; Szpiech, Z. A.; Jankovic, I.; Boehnke, M. Genome-wide association studies in diverse populations, Nature Reviews Genetics, Volume 11 (2010) no. 5, pp. 356-366 | DOI

[60] Sella, G.; Barton, N. H. Thinking About the Evolution of Complex Traits in the Era of Genome-Wide Association Studies, Annual Review of Genomics and Human Genetics, Volume 20 (2019) no. 1, pp. 461-493 | DOI

[61] Sohail, M.; et al. Polygenic adaptation on height is overestimated due to uncorrected stratication in genome-wide association studies, eLife, Volume 8 (2019) | DOI

[62] Speidel, L.; Forest, M.; Shi, S.; Myers, S. R. A method for genome-wide genealogy estimation for thousands of samples, Nature Genetics, Volume 51 (2019) no. 9, pp. 1321-1329 | DOI

[63] Stern, A. J.; Speidel, L.; Zaitlen, N. A.; Nielsen, R. Disentangling selection on genetically correlated polygenic traits via whole-genome genealogies, The American Journal of Human Genetics, Volume 108 (2021) no. 2, pp. 219-239 | DOI

[64] The 1000 Genomes Project Consortium An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes, Nature, Volume 491 (2012) no. 7422, pp. 56-65 | DOI

[65] The 1000 Genomes Project Consortium A global reference for human genetic variation, Nature, Volume 526 (2015) no. 7571, pp. 68-74 | DOI

[66] Turchin, M. C.; Chiang, C. W.; Palmer, C. D.; Sankararaman, S.; Reich, D.; Hirschhorn, J. N. Evidence of widespread selection on standing variation in Europe at height-associated SNPs, Nature Genetics, Volume 44 (2012) no. 9, pp. 1015-1019 | DOI

[67] Turelli, M. Commentary: Fisher’s infinitesimal model: A story for the ages, Theoretical Population Biology, Volume 118 (2017), pp. 46-49 | DOI

[68] Uricchio, L. H.; Kitano, H. C.; Gusev, A.; Zaitlen, N. A. An evolutionary compass for detecting signals of polygenic selection and mutational bias, Evolution Letters, Volume 3 (2019) no. 1, pp. 69-79 | DOI

[69] Visscher, P. M.; Brown, M. A.; McCarthy, M. I.; Yang, J. Five Years of GWAS Discovery, The American Journal of Human Genetics, Volume 90 (2012) no. 1, pp. 7-24 | DOI

[70] Wang, M.; Menon, R.; Mishra, S.; Patel, A. P.; Chaffin, M.; Tanneeru, D.; Deshmukh, M.; Mathew, O.; Apte, S.; Devanboo, C. S.; Sundaram, S.; Lakshmipathy, P.; Murugan, S.; Sharma, K. K.; Rajendran, K.; Santhosh, S.; Thachathodiyl, R.; Ahamed, H.; Balegadde, A. V.; Alexander, T.; Swaminathan, K.; Gupta, R.; Mullasari, A. S.; Sigamani, A.; Kanchi, M.; Peterson, A. S.; Butterworth, A. S.; Danesh, J.; Di Angelantonio, E.; Naheed, A.; Inouye, M.; Chowdhury, R.; Vedam, R. L.; Kathiresan, S.; Gupta, R.; Khera, A. V. Validation of a Genome-Wide Polygenic Score for Coronary Artery Disease in South Asians, Journal of the American College of Cardiology, Volume 76 (2020) no. 6, pp. 703-714 | DOI

[71] Willer, C. J.; Li, Y.; Abecasis, G. R. METAL: fast and efficient meta-analysis of genomewide association scans, Bioinformatics, Volume 26 (2010) no. 17, pp. 2190-2191 | DOI

[72] Wojcik, G. L.; Graff, M.; Nishimura, K. K.; Tao, R.; Haessler, J.; Gignoux, C. R.; Highland, H. M.; Patel, Y. M.; Sorokin, E. P.; Avery, C. L.; Belbin, G. M.; Bien, S. A.; Cheng, I.; Cullina, S.; Hodonsky, C. J.; Hu, Y.; Huckins, L. M.; Jeff, J.; Justice, A. E.; Kocarnik, J. M.; Lim, U.; Lin, B. M.; Lu, Y.; Nelson, S. C.; Park, S.-S. L.; Poisner, H.; Preuss, M. H.; Richard, M. A.; Schurmann, C.; Setiawan, V. W.; Sockell, A.; Vahi, K.; Verbanck, M.; Vishnu, A.; Walker, R. W.; Young, K. L.; Zubair, N.; Acuña-Alonso, V.; Ambite, J. L.; Barnes, K. C.; Boerwinkle, E.; Bottinger, E. P.; Bustamante, C. D.; Caberto, C.; Canizales-Quinteros, S.; Conomos, M. P.; Deelman, E.; Do, R.; Doheny, K.; Fernández-Rhodes, L.; Fornage, M.; Hailu, B.; Heiss, G.; Henn, B. M.; Hindorff, L. A.; Jackson, R. D.; Laurie, C. A.; Laurie, C. C.; Li, Y.; Lin, D.-Y.; Moreno-Estrada, A.; Nadkarni, G.; Norman, P. J.; Pooler, L. C.; Reiner, A. P.; Romm, J.; Sabatti, C.; Sandoval, K.; Sheng, X.; Stahl, E. A.; Stram, D. O.; Thornton, T. A.; Wassel, C. L.; Wilkens, L. R.; Winkler, C. A.; Yoneyama, S.; Buyske, S.; Haiman, C. A.; Kooperberg, C.; Le Marchand, L.; Loos, R. J. F.; Matise, T. C.; North, K. E.; Peters, U.; Kenny, E. E.; Carlson, C. S. Genetic analyses of diverse populations improves discovery for complex traits, Nature, Volume 570 (2019) no. 7762, pp. 514-518 | DOI

[73] Wood, A. R.; Esko, T.; Yang, J.; Vedantam, S.; Pers, T. H.; Gustafsson, S.; Chu, A. Y.; Estrada, K.; Luan, J.; Kutalik, Z.; Amin, N.; Buchkovich, M. L.; Croteau-Chonka, D. C.; Day, F. R.; Duan, Y.; Fall, T.; Fehrmann, R.; Ferreira, T.; Jackson, A. U.; Karjalainen, J.; Lo, K. S.; Locke, A. E.; Mägi, R.; Mihailov, E.; Porcu, E.; Randall, J. C.; Scherag, A.; Vinkhuyzen, A. A. E.; Westra, H.-J.; Winkler, T. W.; Workalemahu, T.; Zhao, J. H.; Absher, D.; Albrecht, E.; Anderson, D.; Baron, J.; Beekman, M.; Demirkan, A.; Ehret, G. B.; Feenstra, B.; Feitosa, M. F.; Fischer, K.; Fraser, R. M.; Goel, A.; Gong, J.; Justice, A. E.; Kanoni, S.; Kleber, M. E.; Kristiansson, K.; Lim, U.; Lotay, V.; Lui, J. C.; Mangino, M.; Leach, I. M.; Medina-Gomez, C.; Nalls, M. A.; Nyholt, D. R.; Palmer, C. D.; Pasko, D.; Pechlivanis, S.; Prokopenko, I.; Ried, J. S.; Ripke, S.; Shungin, D.; Stancáková, A.; Strawbridge, R. J.; Sung, Y. J.; Tanaka, T.; Teumer, A.; Trompet, S.; van der Laan, S. W.; van Setten, J.; Van Vliet-Ostaptchouk, J. V.; Wang, Z.; Yengo, L.; Zhang, W.; Afzal, U.; Ärnlöv, J.; Arscott, G. M.; Bandinelli, S.; Barrett, A.; Bellis, C.; Bennett, A. J.; Berne, C.; Blüher, M.; Bolton, J. L.; Böttcher, Y.; Boyd, H. A.; Bruinenberg, M.; Buckley, B. M.; Buyske, S.; Caspersen, I. H.; Chines, P. S.; Clarke, R.; Claudi-Boehm, S.; Cooper, M.; Daw, E. W.; De Jong, P. A.; Deelen, J.; Delgado, G.; Denny, J. C.; Dhonukshe-Rutten, R.; Dimitriou, M.; Doney, A. S. F.; Dörr, M.; Eklund, N.; Eury, E.; Folkersen, L.; Garcia, M. E.; Geller, F.; Giedraitis, V.; Go, A. S.; Grallert, H.; Grammer, T. B.; Gräßler, J.; Grönberg, H.; de Groot, L. C. P. G. M.; Groves, C. J.; Haessler, J.; Hall, P.; Haller, T.; Hallmans, G.; Hannemann, A.; Hartman, C. A.; Hassinen, M.; Hayward, C.; Heard-Costa, N. L.; Helmer, Q.; Hemani, G.; Henders, A. K.; Hillege, H. L.; Hlatky, M. A.; Hoffmann, W.; Hoffmann, P.; Holmen, O.; Houwing-Duistermaat, J. J.; Illig, T.; Isaacs, A.; James, A. L.; Jeff, J.; Johansen, B.; Johansson, Å.; Jolley, J.; Juliusdottir, T.; Junttila, J.; Kho, A. N.; Kinnunen, L.; Klopp, N.; Kocher, T.; Kratzer, W.; Lichtner, P.; Lind, L.; Lindström, J.; Lobbens, S.; Lorentzon, M.; Lu, Y.; Lyssenko, V.; Magnusson, P. K. E.; Mahajan, A.; Maillard, M.; McArdle, W. L.; McKenzie, C. A.; McLachlan, S.; McLaren, P. J.; Menni, C.; Merger, S.; Milani, L.; Moayyeri, A.; Monda, K. L.; Morken, M. A.; Müller, G.; Müller-Nurasyid, M.; Musk, A. W.; Narisu, N.; Nauck, M.; Nolte, I. M.; Nöthen, M. M.; Oozageer, L.; Pilz, S.; Rayner, N. W.; Renstrom, F.; Robertson, N. R.; Rose, L. M.; Roussel, R.; Sanna, S.; Scharnagl, H.; Scholtens, S.; Schumacher, F. R.; Schunkert, H.; Scott, R. A.; Sehmi, J.; Seufferlein, T.; Shi, J.; Silventoinen, K.; Smit, J. H.; Smith, A. V.; Smolonska, J.; Stanton, A. V.; Stirrups, K.; Stott, D. J.; Stringham, H. M.; Sundström, J.; Swertz, M. A.; Syvänen, A.-C.; Tayo, B. O.; Thorleifsson, G.; Tyrer, J. P.; van Dijk, S.; van Schoor, N. M.; van der Velde, N.; van Heemst, D.; van Oort, F. V. A.; Vermeulen, S. H.; Verweij, N.; Vonk, J. M.; Waite, L. L.; Waldenberger, M.; Wennauer, R.; Wilkens, L. R.; Willenborg, C.; Wilsgaard, T.; Wojczynski, M. K.; Wong, A.; Wright, A. F.; Zhang, Q.; Arveiler, D.; Bakker, S. J. L.; Beilby, J.; Bergman, R. N.; Bergmann, S.; Biffar, R.; Blangero, J.; Boomsma, D. I.; Bornstein, S. R.; Bovet, P.; Brambilla, P.; Brown, M. J.; Campbell, H.; Caulfield, M. J.; Chakravarti, A.; Collins, R.; Collins, F. S.; Crawford, D. C.; Cupples, L. A.; Danesh, J.; de Faire, U.; den Ruijter, H. M.; Erbel, R.; Erdmann, J.; Eriksson, J. G.; Farrall, M.; Ferrannini, E.; Ferrières, J.; Ford, I.; Forouhi, N. G.; Forrester, T.; Gansevoort, R. T.; Gejman, P. V.; Gieger, C.; Golay, A.; Gottesman, O.; Gudnason, V.; Gyllensten, U.; Haas, D. W.; Hall, A. S.; Harris, T. B.; Hattersley, A. T.; Heath, A. C.; Hengstenberg, C.; Hicks, A. A.; Hindorff, L. A.; Hingorani, A. D.; Hofman, A.; Hovingh, G. K.; Humphries, S. E.; Hunt, S. C.; Hypponen, E.; Jacobs, K. B.; Jarvelin, M.-R.; Jousilahti, P.; Jula, A. M.; Kaprio, J.; Kastelein, J. J. P.; Kayser, M.; Kee, F.; Keinanen-Kiukaanniemi, S. M.; Kiemeney, L. A.; Kooner, J. S.; Kooperberg, C.; Koskinen, S.; Kovacs, P.; Kraja, A. T.; Kumari, M.; Kuusisto, J.; Lakka, T. A.; Langenberg, C.; Le Marchand, L.; Lehtimäki, T.; Lupoli, S.; Madden, P. A. F.; Männistö, S.; Manunta, P.; Marette, A.; Matise, T. C.; McKnight, B.; Meitinger, T.; Moll, F. L.; Montgomery, G. W.; Morris, A. D.; Morris, A. P.; Murray, J. C.; Nelis, M.; Ohlsson, C.; Oldehinkel, A. J.; Ong, K. K.; Ouwehand, W. H.; Pasterkamp, G.; Peters, A.; Pramstaller, P. P.; Price, J. F.; Qi, L.; Raitakari, O. T.; Rankinen, T.; Rao, D. C.; Rice, T. K.; Ritchie, M.; Rudan, I.; Salomaa, V.; Samani, N. J.; Saramies, J.; Sarzynski, M. A.; Schwarz, P. E. H.; Sebert, S.; Sever, P.; Shuldiner, A. R.; Sinisalo, J.; Steinthorsdottir, V.; Stolk, R. P.; Tardif, J.-C.; Tönjes, A.; Tremblay, A.; Tremoli, E.; Virtamo, J.; Vohl, M.-C.; Amouyel, P.; Asselbergs, F. W.; Assimes, T. L.; Bochud, M.; Boehm, B. O.; Boerwinkle, E.; Bottinger, E. P.; Bouchard, C.; Cauchi, S.; Chambers, J. C.; Chanock, S. J.; Cooper, R. S.; de Bakker, P. I. W.; Dedoussis, G.; Ferrucci, L.; Franks, P. W.; Froguel, P.; Groop, L. C.; Haiman, C. A.; Hamsten, A.; Hayes, M. G.; Hui, J.; Hunter, D. J.; Hveem, K.; Jukema, J. W.; Kaplan, R. C.; Kivimaki, M.; Kuh, D.; Laakso, M.; Liu, Y.; Martin, N. G.; März, W.; Melbye, M.; Moebus, S.; Munroe, P. B.; Njølstad, I.; Oostra, B. A.; Palmer, C. N. A.; Pedersen, N. L.; Perola, M.; Pérusse, L.; Peters, U.; Powell, J. E.; Power, C.; Quertermous, T.; Rauramaa, R.; Reinmaa, E.; Ridker, P. M.; Rivadeneira, F.; Rotter, J. I.; Saaristo, T. E.; Saleheen, D.; Schlessinger, D.; Slagboom, P. E.; Snieder, H.; Spector, T. D.; Strauch, K.; Stumvoll, M.; Tuomilehto, J.; Uusitupa, M.; van der Harst, P.; Völzke, H.; Walker, M.; Wareham, N. J.; Watkins, H.; Wichmann, H.-E.; Wilson, J. F.; Zanen, P.; Deloukas, P.; Heid, I. M.; Lindgren, C. M.; Mohlke, K. L.; Speliotes, E. K.; Thorsteinsdottir, U.; Barroso, I.; Fox, C. S.; North, K. E.; Strachan, D. P.; Beckmann, J. S.; Berndt, S. I.; Boehnke, M.; Borecki, I. B.; McCarthy, M. I.; Metspalu, A.; Stefansson, K.; Uitterlinden, A. G.; van Duijn, C. M.; Franke, L.; Willer, C. J.; Price, A. L.; Lettre, G.; Loos, R. J. F.; Weedon, M. N.; Ingelsson, E.; O'Connell, J. R.; Abecasis, G. R.; Chasman, D. I.; Goddard, M. E.; Visscher, P. M.; Hirschhorn, J. N.; Frayling, T. M. Defining the role of common variation in the genomic and biological architecture of adult human height, Nature Genetics, Volume 46 (2014) no. 11, pp. 1173-1186 | DOI

[74] Yengo, L.; Robinson, M. R.; Keller, M. C.; Kemper, K. E.; Yang, Y.; Trzaskowski, M.; Gratten, J.; Turley, P.; Cesarini, D.; Benjamin, D. J.; Wray, N. R.; Goddard, M. E.; Yang, J.; Visscher, P. M. Imprint of assortative mating on the human genome, Nature Human Behaviour, Volume 2 (2018) no. 12, pp. 948-954 | DOI

[75] Young, A. I.; Benonisdottir, S.; Przeworski, M.; Kong, A. Deconstructing the sources of genotype-phenotype associations in humans, Science, Volume 365 (2019) no. 6460, pp. 1396-1400 | DOI

Cited by Sources: